Hẳn là nguyên nhân chính khiến chính quyền thực dân Pháp quyết định đóng cửa ĐKNT không phải chỉ vì những nội dung giáo dục tiến bộ về khoa học phổ thông của nhà trường, mà quan trọng hơn là vì nguy cơ nối kết giữa việc đào tạo con người có tư duy khoa học, cởi mở - phản biện, nặng lòng ái quốc, có ý thức học hỏi - tiếp nhận từ 5 châu, 4 bể nhưng luôn hướng đến độc lập quốc gia với những cuộc khởi nghĩa vũ trang vẫn đang tồn tại, luôn chờ dịp bùng phát trong cả nước.
Có một khoảng cách đáng kể giữa thời gian hiện hữu của ĐKNT và thời gian ra đời của những khảo cứu về ngôi trường lịch sử này. Phải đến gần 30 năm sau khi bị đình chỉ, những tập chuyên luận đầu tiên về nhà trường mới được biên soạn, nhưng số phận của chúng cũng thật truân chuyên.
Sách Đông Kinh Nghĩa Thục của Đào Trinh Nhất (1900-1951) do nhà xuất bản Mai Lĩnh in số lượng lớn 10,000 bản vào tháng 12 năm 1937 ở Hà Nội vừa đến với người đọc vài tháng đã bị cấm cùng với một khảo cứu khác của ông có tên Đời cách mệnh Phan Bội Châu, không ai được “giới thiệu, lưu hành, bày bán, phân phối” trên toàn cõi An Nam từ ngày 17 tháng 3 năm 1938. Cũng từ năm 1936, Hoa Bằng Hoàng Thúc Trâm (1902-1977) đã có ý thức thu thập thông tin và trình bày rải rác về ĐKNT trên các tuần báo Thế giới (Sài Gòn) và Tân Việt Nam (Hà Nội). Đến năm 1945, khi tài liệu đã khá dày dặn, ông soạn thành sách Đông Kinh Nghĩa Thục, ký bút danh Mai Lâm, nhưng do chiến tranh tao loạn, bản thảo bị lạc mất khỏi tay người soạn.

Trái: Bìa sách Đông Kinh Nghĩa Thục của Đào Trinh Nhất do nhà Mai Lĩnh xuất bản năm 1937 với ảnh chân dung của Giám học Nguyễn Quyền; Phải: Quyết định cấm 2 tác phẩm Đông Kinh Nghĩa Thục và Đời cách mệnh Phan Bội Châu được ban hành ngày 17 tháng 3 năm 1938 in trong Bulletin administratif de l'Annam, 1938/ 02/15-1938/ 08/09. Nguồn: Gallica, Thư viện Quốc gia Pháp.